Fotografihuset er organisert som et aksjeselskap, eid 50/50 av de to organisasjonenes Foto-Norge og Stiftelsen SE.
Fellesorganisasjonen Foto-Norge har som formål «å styrke fotografiet og film i samfunnet, gjennom kunnskap, forståelse og respekt». Medlemsorganisasjonene er Norges Fotografforbund, Norske Reklamefotografer, Forbundet Frie Fotografer, Norske Naturfotografer, Norsk Fotohistorisk Forening, Norsk Skolefotoforbund, Institusjonsfotografenes Forening, Norsk Selskap for Fotografi, og Stiftelsen SE .
Stiftelsen Se ble etablert i 2005 for å realisere visjonen om et nasjonalt Fotografihus i Oslo. Stiftelsen har en overordnet visjon om å bringe “fotografi til folket – folk til fotografiet”, og retter fokus mot prosjekter som bidrar til å fremme fotografiet.